18 Mart 2016 tarihli bir Amed Today haberinde, MİT Kontrterör Dairesi Eski Başkanı Mehmet Eymür’ün Musa Anter’in öldürüldüğü saldırıda yanında bulunan ve saldırıdan yaralı olarak kurtulan AK Parti Milletvekili Orhan Miroğlu’nun “MİT Ajanı” olduğunu söylediği iddia edildi.
Haberde, birleştirilen JİTEM Ana Davası ve Musa Anter Cinayeti Davası’nda tanık olarak ifade veren Eymür’ün Yeşil kod adlı Mahmut Yıldırım’ın sorgusuna katıldığı belirtildi. Mehmet Eymür’ün şu sözleri söylediği iddia edildi: “Mahmut Yıldırım, sorgusu sırasında Musa Anter'i çağırtmak için PKK Diyarbakır komite başkanını getirttiğini, para veya başka şeylerle PKK'ya çok şey yaptırdıklarını söyledi. Yıldırım sorgusunda Orhan Miroğlu'nu 'Tayfun' diye tanıdığını, PKK'nın üzerine kalsın diye Orhan Miroğlu'nu yaralı bıraktım' dedi."
Konuyla ilgili açıklama yapan Mehmet Eymür, bu haberde iddia edilenin aksine "Miroğlu'nun MİT'e çalıştığı ya da Musa Anter cinayetinde yer almış olabileceği" yönünde bir ifade vermediğini kaydetti. "Orhan Miroğlu bu işin içinde olsa niye vurulur" diye soran Mehmet Eymür, "Adam hem MİT ajanı, hem o tarafa çalışıyor hem de vuruluyor. Bunu neye bağlıyorsunuz, bunun nasıl bir mantığı var? Miroğlu, 5 tane mermi yemiş o zaman. Davanın açılması için şikayetçi olan da Miroğlu'dur. Susurluk olayını ilk defa ortaya koyan benim. Ama, Susurluk'ta sanık olarak ifademi aldılar. Türkiye'de maalesef işler böyle.” değerlendirmesinde bulundu.